Bei dieser Methode erfolgt der Zugangsweg über natürliche Körperöffnungen wie  Magen, Dickdarm oder Scheide, ohne dass Operationswunden auf der Körperoberfläche erforderlich werden.  Daher wird diese Methode im englischen Sprachraum als Natural Orifice Translumenal Endoscopic Surgery (NOTES) bezeichnet. Im wesentlichen beschränken sich die Eingriffe auf die Entfernung der Gallenblase über die Scheide (transvaginale Cholecystektomie) und die Entfernung von Dickdarmanteilen über die Scheide (transvaginale Kolon bzw. Rektumresektion).

Darüber hinaus kann über eine Magenspiegelung bei einer Erkrankung der Bauchspeicheldrüse wie z.B. der Ausbildung von Pseudozysten oder einer Bauchspeicheldrüsenentzündung (Pankreatitis)  die Magenwand eröffnet und ein Zugang zur Bauchspeicheldrüse durch den Magen (transgastral) geschaffen werden. Hierdurch kann in vielen Fällen eine größere Operation vermieden werden. Gängige Indikationen für NOTES: Transvaginale Gallenblasenentfernung (Cholecystektomie) Transgastraler Zugang zur  Bauchspeicheldrüse (Drainage, Debridement) 

Abbildung 1: Transvaginale Cholezystektomie: Zugang zum Bauchraum über das kleine Becken	Abbildung 2: Transgastraler Zugang zur Bauchspeicheldrüse. Unten ist der Magenausgang zu sehen, oben der geschaffene, große Zugang zur Bauchspeicheldrüse (transgastral)